Pigmen organik dan anorganik dibedakan berdasarkan asal usul dan sifat kimianya.
Sumber: Pigmen organik diekstraksi atau disintesis dari hewan, tumbuhan, mineral, atau senyawa organik yang disintesis secara artifisial. Pigmen anorganik diekstraksi atau disintesis dari bijih, mineral atau senyawa anorganik sintetik.
Sifat kimia: Molekul pigmen organik biasanya tersusun dari struktur kompleks yang mengandung karbon, dan warnanya ditentukan oleh struktur kimia senyawa organik. Molekul pigmen anorganik biasanya tersusun dari unsur anorganik, dan warnanya ditentukan oleh sifat dan struktur unsur tersebut.
Stabilitas: Pigmen anorganik umumnya lebih stabil dibandingkan pigmen organik dan lebih tahan terhadap cahaya, asam, alkali, dan panas. Pigmen organik dapat terurai atau berubah warna dalam kondisi tertentu. Rentang Warna: Karena perbedaan struktur kimianya, pigmen organik umumnya memiliki rentang warna yang lebih luas, sehingga menghasilkan warna yang lebih cerah. Pigmen anorganik memiliki rentang warna yang relatif sempit. Bidang aplikasi: Pigmen organik cocok untuk pewarna, cat, plastik, kertas, dan bidang lainnya. Pigmen anorganik banyak digunakan dalam keramik, kaca, pigmen, pelapis dan bidang lainnya.

Perlu dicatat bahwa pigmen organik dan anorganik memiliki kelebihan dan karakteristiknya masing-masing, dan pilihan pigmen mana yang akan digunakan bergantung pada kebutuhan aplikasi spesifik dan efek yang diinginkan.